преподавание

Курсовые работы 2008

Работа: «Группировка PPAR-регулируемых генов на основе схожести cis-регуляторных элементов в их промотерах» (курсовая работа студентки ФББ МГУ Виноградовой С.В., рук. С.Е. Алешин)

Основная задача исследования: группировка PPAR-регулируемых генов на основе схожести имеющихся цис- регуляторных элементов в их промотерах. Работа проведена с базой данных регуляторных элементов cisRED, для запросов использован язык структурированных запросов – SQL, работали в MySQL Query Browser. Список PPAR-регулируемых генов взят из приложения к статье «Lemay DG, Hwang DH. Genome-wide identification of peroxisome proliferator response elements using integrated computational genomics». Группировка проводилась отдельно для генов, имеющих экспериментальное подтверждение и для генов предсказанных (по данной статье). В результате гены разбиты на группы, на основе схожести мотивов.

Скачать курсовую

Работа: «Однонуклеотидные полиморфизмы PPAR-зависимых генов. Зависимость количества полиморфизмов от древности гена» (курсовая работа студентки ФББ МГУ Бабской Евгении, рук. С.Е. Алешин)

Появление доступных полногеномных данных о полиморфизмах (таких, как однонуклеотидные полиморфизмы) подняло исследования о взаимосвязи генотипа и фенотипа на новый уровень. Одним из методов отбора информативных полиморфизмов стало сравнение корреляции между ними (обозначенное термином «неслучайное распределение» (LD)), но данный метод сталкивается с проблемой смещения, в случае, когда сравниваются полиморфизмы разной частоты. В случае если сравниваются полиморфизмы примерно равной частоты, то выводы о корреляции между ними правомерны. По данному методу, полиморфизмы сравниваются внутри и вокруг гена, для получения всех корреляций между полиморфизмами на каждом участке. В работе проанализирована литература по исследованиям полиморфизмов PPAR-зависимых генов и фенотипическим проявлениям этих полиморфизмов. Проведен поиск ортологов этих генов и проанализирована зависимость количества полиморфизма от древности гена.

Скачать курсовую

Работа: «Исследование эволюции участвующих в патогенезе болезни Альцгеймера белков с помощью программы OrthoFocus» (курсовая работа студентки ФББ МГУ Ахмадуллиной Александры, рук. М.Г. Сергеева))

Благодаря активным исследованиям в литературе имеются многочисленные данные о связанных с патогенезом болезни нарушениях, в частности – изменениях свойств некоторых белков. Цель работы: поиск объектов для изучения болезни с использованием подходов биоинформатики. Решали следующие задачи: выявить белки, изменения которых экспериментально описаны при данном заболевании, изучить эволюцию белков, характерных для заболевания, выделить отдельные подмножества в данном множестве и объекты, удобные для моделирования отдельных этапов заболевания. Результаты следующие. При анализе ресурсов (OMIM, PubMed, MEDLINE) выделено 99 белков, изменения которых достоверно показаны, в том числе APP (amyloid precursor protein), PSN1 (presenilin1) и PSN2 (presenilin2), ApoE (apolipoprotein E), МАРТ (microtube-associated protein tau). На основании информации баз KEGG, GOLD выстроены биохимические пути взаимосвязей белков. Эволюцию белков анализировали с помощью разработанной в нашей лаборатории программы OrthoFocus. Исследованы геномы Anopheles_gambiae, Apis_mellifera, Bos_taurus, Caenorhabditis_elegans, Canis_familiaris, Ciona_intestinalis, Ciona_savygni, Danio_rerio, Drosophila_melanogaster, Echinops_telfairi, Gasterosteus_aculeatus, Monodelphis_domestica, Mus_musculus, Oryctolagus_cuniculus, Rattus_norvegicus, Strongylocentrotus_purpuratus, Takifu_rubripes, Tetraodon_nigroviridis, Xenopus_tropicalis и др. Полученные результаты показывают, что программу OrthoFocus можно использовать для изучения процесса формирования взаимодействующих компонентов белковых систем в ходе эволюции и анализа комбинаций, в которых белки-компоненты системы представлены в живых организмах, на базе их филогенетических профилей. Такой анализ позволяет выбрать удобные объекты для изучения отдельных компонентов систем белков, участвующих в патогенезе болезни Альцгеймера.

Скачать курсовую